思った以上に簡単でした。
手順としては
① X-server側でサブドメインの設定
② Shopify側でサブメインの認証

① X-server側でサブドメインの設定

独自ドメインを設定しているサーバー管理画面＞DNSレコード設定＞追加
でサブドメインを追加

CNAMEだけでOK。

内容の箇所はshops.myshopify.com。

② Shopify側でサブメインの認証

すでに初期ドメインが設定されていると既存のドメイン追加が隠れているので注意

このアクションの中に隠れている。
あとは接続したいサブドメインを入力して次へ行くだけ。接続テストでOKが出てすぐに利用可能でした。