そのまんまです。

デフォルトで吐き出すとチェックした項目にカンマが入って羅列するだけなのでデザイン処理がむずかしい。

以下参考にさせて頂いたサイトです。
http://ponko2.x0.com/advanced-custom-fields/

<ul><li><?php echo implode('</li><li>', get_field('field_name')); ?></li></ul>

こうするだけでいいらしい。